[Mise à jour le 20 janvier 2022 à 20h39] De nombreux variants du SARS-CoV-2 circulent en France et de nouveaux variants porteurs de mutations sont régulièrement identifiés. Parmi eux, le variant Omicron déclaré en Afrique du Sud le 24 novembre 2021 et classé comme « préoccupant » par l’OMS deux jours plus tard. Omicron est présent aujourd’hui dans plus d’une centaine de pays. En France, « il a déjà touché plus de 5 millions d’entre nous et probablement au moins le double si on ajoute le nombre estimé de ceux qui ne sont pas allés se faire tester faute de symptômes notables. (…) Peu de familles ont été épargnées » a informé le Premier ministre Jean Castex lors de la conférence de presse du 20 janvier avant d’annoncer que « la situation commence à évoluer plus favorablement« . « La vague provoquée par le variant Omicron commence à marquer le pas dans les régions où ce variant avait frappé en premier à la fin décembre, en particulier en Ile-de-France où la décrue est engagée » a-t-il poursuivi. Jean Castex a par ailleurs confirmé que ce variant Omicron est moins dangereux que ses prédécesseurs. Omicron « donne des formes cliniques moins sévères car il se multiplie plus dans voies aériennes supérieures et moins dans les voies inférieures, donnant moins de pneumopathies (que Delta, ndlr)«  a expliqué le Pr Arnaud Fontanet, membre du Conseil scientifique, sur BFM-TV lundi 10 janvier. Mais pas question pour autant de relâcher la vigilance et la vaccination a martelé Jean Castex : « Même atténué ce virus n’a rien d’anodin, il ne s’agit absolument pas d’une simple grippe. Un seul chiffre pour le démontrer : sur une année normale, l’épidémie de grippe provoque en moyenne 10 000 hospitalisations sur toute la période de l’hiver, avec Omicron nous atteignons ce chiffre non pas en 3 mois mais en 5 jours seulement. » Si on peut facilement attraper le virus en étant vacciné, a confirmé le Premier ministre, une personne complètement vaccinée a 4,5 fois moins de risque d’attraper la Covid et surtout 25 fois moins de risque d’être hospitalisé en soins critiques par rapport à une personne non vaccinée (7% des adultes ne sont pas vaccinés en France contre le coronavirus). Définition, symptômes spécifiques de covid, vaccin… Tout savoir sur le variant Omicron.

C’est quoi le nouveau variant Omicron ?

La variante Omicron a été signalée pour la première fois à l’OMS par l’Afrique du Sud le 24 novembre 2021. Cette variante appartient à la lignée Pango B.1.1.529.« C’est un variant qui a un grand nombre de mutations et nous savons que dans ce cas, cela peut avoir un impact sur le comportement du virus, a expliqué le Dr Maria Van Kerkhove de l’OMS le 25 novembre 2021. Dans un Avis du 17 décembre, le Conseil scientifique français rappelle que « la plupart des mutations sont observées sur la protéine de Spicule (30 environ), d’autres mutations sont aussi observées dans le gène de la protéine N et dans le gène NSP6, mutations pouvant avoir un impact sur le niveau de multiplication du virus« . Il existe actuellement deux sous lignages de variant Omicron BA.1 (majoritaire) et BA.2 (minoritaire) qui ne présentent pas de différence en termes d’impact, d’échappement immunitaire ou de transmission. « L’impact des mutations observées pour les virus Omicron sur la contagiosité est confirmé, tant du fait d’un échappement immunitaire lié aux mutations localisées sur la protéine de spicule, que de sa capacité réplicative augmentée. La transmission est nettement augmentée par rapport au variant Delta. » Le variant Omicron a été classé comme « préoccupant » par l’OMS le 26 novembre. Il y a trois types de variants selon le classement de l’OMS : les VOC (variant préoccupant comme les variants Delta, Alpha, Beta, Gamma et Omicron), les VOI (variant à suivre comme le variant Mu et le variant Lambda) et les VUM (variant sous surveillance). Un variant préoccupant a :

• une augmentation de la transmissibilité ou changement préjudiciable dans l’épidémiologie du COVID-19 ou
• une augmentation de la virulence ou modification de la présentation clinique de la maladie ou
• une diminution de l’efficacité des mesures de santé publique et sociales ou des diagnostics, vaccins, thérapeutiques disponibles.

Combien de cas du variant Omicron en France ?

En France, le variant Omicron est majoritaire depuis la semaine 51 (19-25 décembre 2021) et continue de remplacer le variant Delta depuis. Il représente 70 à 90% des contaminations selon les régions, a indiqué le Pr Arnaud Fontanet, membre du Conseil scientifique, sur BFM-TV lundi 10 janvier. « Il a déjà touché plus de 5 millions d’entre nous et probablement au moins le double si on ajoute le nombre estimé de ceux qui ne sont pas allés se faire tester faute de symptômes notables. (…) Peu de familles ont été épargnées » a informé le Premier ministre Jean Castex lors de la conférence de presse du 20 janvier. « La vague provoquée par le variant Omicron commence à marquer le pas dans les régions où ce variant avait frappé en premier à la fin décembre, en particulier en Ile-de-France où la décrue est engagée » a-t-il poursuivi. Jean Castex a par ailleurs confirmé que ce variant Omicron est moins dangereux que ses prédécesseurs. 

Parmi les premiers cas identifiés d’Omicron en France, un cas en Vendée, un autre dans le Haut-Rhin confirmé par l’ARS de la région Grand Est, un cas en Ile-de-France, en Seine et Marne déclaré par l’Agence régionale de santé d’Ile-de-France. 

La charge virale diminuerait au bout de 6 jours.

Combien de jours est-on contagieux ?

C’est incontestable aujourd’hui : le variant Omicron se transmet beaucoup plus que le virus originel de la Covid et ses variants précédents. Selon des études préliminaires rapportées par Santé Publique France, « Omicron est environ 3 fois plus transmissible que Delta ». « Omicron se réplique extrêmement rapidement dans les cultures primaires de cellules épithéliales nasales, encore plus que Delta, qui s’est lui-même répliqué plus rapidement que toutes les variantes précédemment caractérisées » ont confirmé des chercheurs anglais dans une analyse publiée fin décembre. Sa transmissibilité serait augmentée car il utilise une voie d’entrée supplémentaire dans les cellules : « Omicron est capable d’entrer efficacement dans les cellules d’une manière indépendante de TMPRSS2 (voie classique, ndlr), via la voie endosomale. Nous supposons que cela permet à Omicron d’infecter un plus grand nombre de cellules dans l’ 
épithélium respiratoire, ce qui lui permet d’être plus infectieux à des doses d’exposition plus faibles, et transmissibilité intrinsèque améliorée. » ont précisé les scientifiques. Par contre il serait « moins susceptible de se répliquer dans les poumons » réduisant le risque de maladie grave. Concernant la durée de contagion, l’étude de chercheurs japonais publiée le 5 janvier suggère qu’il est peu probable que les cas vaccinés d’Omicron excrètent le virus infectieux 10 jours après leur diagnostic ou l’apparition de leurs symptômes. La quantité d’ARN viral (que l’on peut assimiler à la « charge virale« ) était la plus élevée 3 à 6 jours après le diagnostic ou 3 à 6 jours après l’apparition des symptômes, puis a progressivement diminué au fil du temps.

Quelle est la durée d’incubation d’Omicron ?

Le variant Omicron a une période d’incubation « plus rapide » et « se multiplie plus vite dans l’organisme » confirmait Gabriel Attal à l’issue du Conseil des ministres le 5 janvier pour justifier le raccourcissement de la durée d’isolement des cas positifs (7 jours au lieu de 10) et sa suppression pour les cas contacts vaccinés. « On est devant un variant (Omicron, ndlr) qui a une durée (d’incubation, ndlr), avant l’apparition des symptômes, qui est passée de cinq à trois jours » a précisé le Pr Yazdan Yazdanpanah du Conseil scientifique sur BFM-TV le 2 janvier. 

La durée moyenne des symptômes est de 4 jours.

Quels sont les symptômes du variant Omicron ?

Dès les premières observations, les chercheurs sud-africains ont indiqué que la maladie liée à Omicron paraissait plus bénigne. Le premier patient « avait un peu mal à la tête, il n’avait pas vraiment mal à la gorge, pas de toux, pas de perte du goût ou de l’odorat » expliquait le Dr Angelique Coetzee, présidente de l’Association médicale sud-africaine à la BBC. Ses symptômes étaient « très très légers ». L’étude sud-africaine Discovery publiée mi-décembre montrait que les volontaires infectés par Omicron présentaient une gorge irritée, une congestion nasale, c’est-à-dire des signes de rhume. Omicron provoquait par ailleurs moins de détresse respiratoire que Delta ce que confirment aujourd’hui les scientifiques. Sur BFM-TV le 10 janvier, le Pr Arnaud Fontanet a indiqué qu’Omicron « donne des formes cliniques moins sévères car il se multiplie plus dans voies aériennes supérieures et moins dans les voies inférieures, donnant moins de pneumopathies (que Delta, ndlr)« . Mais « même atténué ce virus n’a rien d’anodin, il ne s’agit absolument pas d’une simple grippe. Un seul chiffre pour le démontrer : sur une année normale, l’épidémie de grippe provoque en moyenne 10 000 hospitalisations sur toute la période de l’hiver, avec Omicron nous atteignons ce chiffre non pas en 3 mois mais en 5 jours seulement » a souligné Jean Castex le 20 décembre.

► Dans le point épidémiologique du 7 janvier, Santé Publique France rapporte les caractéristiques des premiers cas détectés d’infection par Omicron en France (338) : la majorité était symptomatique (89%), mais de façon bénigne, ce qui peut être lié à l’âge des cas (médiane de 32 ans) et à la faible proportion d’entre eux qui présentaient des facteurs de risque. L’asthénie (fatigue), la toux, la fièvre, les céphalées, les myalgies, un mal de gorge ou un écoulement nasal étaient les symptômes les plus souvent signalés.

Quelle est la durée des symptômes ?

La durée des signes variait de 1 à 30 jours (médiane de 4 jours) selon les observations de cas en France par Santé Publique France, au 4 janvier.

Afin de tenir compte de l’évolution extrêmement rapide de la diffusion du variant Omicron en France, les durées d’isolement et de quarantaine des cas contacts Covid ont évolué le 3 janvier 2022, comme détaillé par le gouvernement et actualisées le 11 janvier par la Direction générale de la Santé.

Que veut dire Omicron en grec ?

Comme Alpha, Beta, Delta, Gamma… Omicron est le nom d’une lettre de l’alphabet grec (la 15e), le système de nomenclature « plus accessible à un public non scientifique » et « non stigmatisant » mis en place pour baptiser les lignées génétiques du Sars-CoV-2, explique l’OMS. L’alphabet grec compte 24 lettres. Les 13e et 14e lettre n’ont pas été attribuées à un variant, l’OMS n’ayant pas encore indiqué pour quelle raison. 

Quelle est l’efficacité des vaccins ?

Des travaux se poursuivent pour étudier le potentiel d’échappement immunitaire du variant Omicron face au vaccin. « Sur la base de notre compréhension des mutations dans cette lignée, une évasion partielle-immune est probable » ont indiqué d’emblée les chercheurs sud-africains. La variante Omicron est la variante la plus divergente en terme de mutations depuis le début de la pandémie. Selon une étude prépubliée le 16 décembre dans Biorxiv par des chercheurs de l’Institut Pasteur et du Vaccine Research Institute, en collaboration avec la KU Leuven (Leuven, Belgique), le CHR d’Orléans, l’Hôpital Européen Georges Pompidou (AP-HP), l’Inserm et le CNRS,  les anticorps présents dans le sang de personnes ayant reçu deux doses du vaccin Pfizer ou du vaccin AstraZeneca ne sont plus capables de neutraliser Omicron 5 mois après la vaccination. Invité sur BFM-TV le 10 janvier, le Pr Arnaud Fontanet a confirmé qu’ « à 6 mois de deuxième dose, le vaccin protège à 60% contre les hospitalisations Omicron ». Et d’ajouter : « La dose de rappel diminue de 70% le risque d’infection, de 90 à 95% le risque d’être hospitalisé et on pense de 50% le risque de transmettre le virus mais on a beaucoup moins de chiffres pour cette donnée. » Afin de contrer ce variant, l’OMS envisage de modifier la composition du vaccin afin qu’il devienne plus efficace. Le patron du laboratoire Pfizer Albert Bourla a assuré lundi 10 janvier qu’une version du vaccin contre le Covid-19 adaptée au variant Omicron sera prête en mars 2022 : « Je ne sais pas si on en aura besoin, je ne sais pas si, ni comment il sera utilisé, mais nous seront prêts. L’usine a déjà commencé la production », a-t-il déclaré sur la chaîne américaine CNBC. Le 30 novembre, le PDG du laboratoire Moderna, Stéphane Bancel, interviewé dans le Financial Times, soulignait que « la plupart des experts pensaient qu’une variante aussi hautement mutée n’émergerait pas avant un an ou deux. »

D’où vient le variant Omicron ?

La variante Omicron a été signalée pour la première fois à l’OMS par l’Afrique du Sud le 24 novembre 2021. La première infection confirmée connue à Omicron en Afrique du Sud provenait d’un échantillon prélevé le 9 novembre 2021. Le variant Omicron a également été détecté au Botswana dans des échantillons collectés le 11 novembre 2021.

La stratégie de criblage a été adaptée en France pour pouvoir détecter des cas suspects d’Omicron. Depuis juin 2021, étaient ciblées les mutations E484K (A), E484Q (B) et L452R (C). Mais « le variant Omicron (B.1.1.529) ne présente aucune des trois mutations suivies par le criblage (E484K, E484Q et L452) » explique Santé Publique France. Un suivi renforcé des résultats de criblage A0B0C0 (ne portant ni E484K ni E484Q ni L452R) a d’abord été mis en place. Mais ce profil de mutation n’étant pas spécifique d’Omicron, une nouvelle variable D a été inclue dans la base de données SI-DEP. Cette variable D combine plusieurs mutations portées par Omicron. L’indication D1 correspond à l’identification d’une ou plusieurs de ces mutations et D0 à la recherche et l’absence d’identification d’une ou plusieurs de ces mutations. Depuis le 20 décembre, la mutation E484Q n’est plus recherchée, et un suivi renforcé des résultats A0C0 a été mis en place.

« Delta menace nos réanimations par ses formes graves. Omicron menace nos lits de médecine par ses formes symptomatiques nombreuses »

Est-il moins dangereux ?

Jean Castex a confirmé lors de la conférence de presse du 20 janvier que le variant Omicron est « moins sévère que ses prédécesseurs ». Les données sur la sévérité d’Omicron sont relativement encourageantes, expliquait l’Institut Pasteur le 27 décembre. Les données Sud Africaines et Écossaises suggèrent une réduction de 70-80% du risque d’hospitalisation pour Omicron par rapport à Delta et les données anglaises une réduction de 50-70%. Cette moindre dangerosité viendrait du fait que le variant Omicron s’attaque moins au système pulmonaire. Omicron « donne des formes cliniques moins sévères car il se multiplie plus dans voies aériennes supérieures et moins dans les voies inférieures, donnant moins de pneumopathies (que Delta, ndlr) » a confirmé le Pr Arnaud Fontanet, membre du Conseil scientifique, sur BFM-TV lundi 10 janvier. « Le variant Omicron envoie moins les patients en réanimation » a déclaré le ministre de la Santé Olivier Véran ce même jour. Il « provoque des séjours hospitaliers plus courts pour les nouveaux patients que pour ceux contaminés par les variants précédents ».  Selon lui, les personnes hospitalisées vont avoir des besoins en oxygène durant trois à quatre jours avant de pouvoir sortir de l’hôpital. Invité de France Inter le 3 janvier, Olivier Véran résumait la situation en disant que « Delta menace nos réanimations par ses formes graves. Omicron menace nos lits de médecine par ses formes symptomatiques nombreuses ».

Quelles différences avec le variant Delta ?

Le variant Delta n’est plus majoritaire en France depuis le 19 décembre. « Nous sommes dans une phase de transition entre deux variants, Delta et Omicron » a confirmé Arnaud Fontanet le 10 janvier sur BFM-TV. Le variant Delta est plus présent désormais dans le sud de la France. « Alors que la lignée B.1.1.529 partage quelques mutations communes avec les variantes Delta mais aussi Beta et C.1.2, il a également un certain nombre de mutations supplémentaires. À l’heure actuelle, la lignée B.1.1.529 est relativement distincte des variantes C.1.2, Beta et Delta et a une voie évolutive différente » ont expliqué les scientifiques sud-africains qui ont analysé en premier le nouveau variant Omicron. Selon les données sud-africaines et écossaises rapportées par l’Institut Pasteur, Omicron est 70% plus contagieux que Delta, mais moins dangereux car le risque d’être hospitalisé est 70-80% moindre par rapport à une personne est infectée par Delta. Il s’attaquerait moins aux poumons. Concernant le risque de réinfection, « Omicron était associé à un risque 5,4 fois plus élevé que Delta«  selon l’étude anglaise publiée le 16 décembre par l’Imperial Collège de Londres. Un nouveau variant combiné « Delta-Omicron » a été repéré il y a quelques jours par des scientifiques. « Probablement une erreur de contamination, a estimé le Pr Fontanet. On va l’écarter. »

« Les anticorps monoclonaux disponibles actuellement sont pour la plupart inactifs »

Quels traitements ?

Les traitements d’une infection par le variant Omicron ne diffèrent pas d’une infection Covid classique. En revanche, les anticorps monoclonaux qui peuvent être administrés à certains patients ne semblent pas efficaces contre Omicron. Selon les analyses de chercheurs de l’Institut Pasteur publiées en décembre sur neuf anticorps monoclonaux utilisés en clinique ou en phase de développement préclinique, six perdent totalement leur activité antivirale, et les trois autres sont de 3 à 80 fois moins efficaces contre Omicron par rapport à Delta. Les anticorps Bamlanivimab/Etesevimab (combinaison développée par Lilly), Casirivimab/ Imdevimab (combinaison développée par Roche et appelée Ronaprève), Regdanvimab (développé par Celtrion) perdent totalement leur effet antiviral contre Omicron. La combinaison Tixagevimab/Cilgavimab (développée par AstraZeneca sous le nom de Evusheld) est 80 fois moins efficace contre Omicron que contre Delta. « Nous montrons que ce variant très transmissible, a acquis une résistance marquée aux anticorps. Les anticorps monoclonaux thérapeutiques anti-SARS-CoV-2 disponibles actuellement sont pour la plupart inactifs » commente Olivier Schwartz, co-principal auteur de l’étude et directeur de l’unité Virus et immunité à l’Institut Pasteur.

Les règles de prévention face au nouveau variant Omicron sont identiques à celles du Sars-Cov-2 originel :

► La réduction des contacts : « Si nous diminuons tous de 20% nos contacts, on divise par deux le nombre d’hospitalisations à venir dans 15 jours » a expliqué le Pr Fontanet sur BFM-TV le 10 janvier.

► La vaccination : l’OMS recommande d’accélérer la couverture vaccinale contre le Covid le plus rapidement possible, en particulier parmi les populations désignés comme hautement prioritaires qui ne sont pas vaccinés ou qui ne sont pas encore complètement vaccinés.

►Les gestes barrières : masques, distanciation physique, ventilation de l’espace intérieur, évitement des foules, hygiène des mains…

►Le dépistage et l’isolement : Utiliser très largement les tests diagnostiques en cas de symptômes ou avant un évènement, y compris chez les personnes vaccinées : tests antigéniques ou autotests au plus proche de l’évènement.

► Les grands évènements pouvant conduire à des clusters géants doivent être évités voire interdits provisoirement.

Sources : 

Covid-19 : Premières estimations de la place des variants Delta et Omicron chez les patients hospitalisés à l’AP-HP du 1er décembre 2021 au 4 janvier 2022. 10 janvier 2022. AP-HP.

The SARS-CoV-2 variant, Omicron, shows rapid replication in human primary nasal epithelial cultures and efficiently uses the endosomal route of entry. Thomas P. Peacock1. Department of Infectious Disease, Imperial College London, UK, W2 1PG

Avis du Conseil scientifique COVID-19 16 décembre 2021. 17 décembre 2021.

Point sur le variant du SARS-CoV-2 Omicron (B.1.1.529). Santé Publique France. 26 novembre 2021

Les autorités sanitaires françaises surveillent les cas possibles de personnes atteintes du variant Omicron sur le territoire français. Ministère de la Santé. 28 novembre 2021

Enhancing Readiness for Omicron (B.1.1.529): Technical Brief and Priority Actions for Member States World Health Organization HQ 28 Novembre 2021

Un nouveau variant détecté dans plusieurs pays d’Afrique australe. Gouvernement.fr. 26 novembre 2021.

Frequently asked questions about the B.1.1.529 mutated SARS-CoV-2 lineage in South Africa. National Institute for communicable diseases. 25 novembre 2021.

Focused COVID-19 Media Monitoring Nepal. OMS. 26 novembre 2021.