en France, symptôme, vaccin, c’est quoi ?

Mise à jour le 29 novembre 2021 à 18h57] Espagne, Portugal, Allemagne, Pays-Bas, Belgique, Italie, Danemark, Autriche, Royaume Uni… Le nouveau variant du Covid, venu d’Afrique du Sud et baptisé Omicron, continue de se diffuser dans le monde. Plusieurs pays comme le Japon, Israël, le Maroc, l’Australie et les Philippines ont décidé de fermer leurs frontières ou de ne pas les rouvrir comme c’était prévu. Aux Etats-Unis, le président américain Joe Biden a estimé lundi qu’il n’y avait “pas de raison de paniquer” et précisé ne pas “anticiper à ce stade” de nouvelles restrictions aux voyages internationaux. La variante Omicron a été signalée pour la première fois à l’OMS par l’Afrique du Sud le 24 novembre 2021. Il va falloir “plusieurs semaines pour comprendre son impact”, a expliqué l’Organisation mondiale de la Santé car il s’agit d’une “variante très divergente avec un nombre élevé de mutations, dont certaines sont préoccupantes et peuvent être associées à un potentiel d’évasion immunitaire et à une transmissibilité plus élevée“. Les preuves préliminaires suggèrent un risque accru de réinfection. En France, le ministère de la Santé a annoncé dimanche dans un communiqué que huit cas “possibles” ont été repérés sur le territoire national : “Sont considérés comme cas possibles de contamination au variant Omicron les personnes s’étant rendues en Afrique australe dans les 14 derniers jours et ayant un résultat de test positif avec un criblage négatif pour les mutations retrouvées dans les autres variants préoccupants (alpha, bêta, gamma, delta).” Le séquençage des prélèvements de ces patients est priorisé. “Dès que ces cas possibles ont été identifiés, et avant même l’obtention des résultats du séquençage, les mesures renforcées d’identification et d’isolement des cas possibles et de leurs personnes contacts à risque ont été mises en œuvre. L’ensemble des contacts à risque continuent d’être suivis par l’Assurance maladie et les Agences régionales de Santé.” L’ensemble des vols sont suspendus depuis le 26 novembre et jusqu’au 1er décembre en provenance de sept pays d’Afrique Australe (Afrique du Sud, Botswana, Eswatini, Lesotho, Mozambique, Namibie, Zimbabwe). Désormais, toute personne souhaitant se déplacer en provenance de Mayotte ou de La Réunion et à destination du reste du territoire national devra être munie d’un résultat de test ou d’examen de dépistage négatif réalisé moins de 48 heures avant le déplacement.

C’est quoi le variant omicron ?

La variante Omicron a été signalée pour la première fois à l’OMS par l’Afrique du Sud le 24 novembre 2021. Elle appartient à la lignée Pango B.1.1.529 (d’où son autre nom “B.1.1.529”), est caractérisée 45-52 changements d’acides aminés, dont 26-32 sur la protéine de pointe par rapport à la souche de référence du Sars-Cov-2. “C’est un variant qui a un grand nombre de mutations et nous savons que dans ce cas, cela peut avoir un impact sur le comportement du virus, a expliqué le Dr Maria Van Kerkhove de l’OMS le 25 novembre 2021. Les chercheurs l’analysent pour comprendre ses mutations. Il va falloir plusieurs semaines pour comprendre quel impact a ce variant.” Il y a trois types de variants selon le classement de l’OMS : les VOC (variant préoccupant comme les variants Delta, Alpha, Beta, Gamma), les VOI (variant à suivre comme le variant Mu et le variant Lambda) et les VUM (variant sous surveillance). Le variant Omicron est classé comme VOC par l’OMS soit un variant associé à :

• une augmentation de la transmissibilité ou changement préjudiciable dans l’épidémiologie du COVID-19 ;

OU

• une augmentation de la virulence ou modification de la présentation clinique de la maladie ;

OU

• une diminution de l’efficacité des mesures de santé publique et sociales ou des diagnostics, vaccins, thérapeutiques disponibles.

Le 28 novembre, l’OMS a expliqué que le variant Omicron “est une variante très divergente avec un nombre élevé de mutations, dont 26-32 dans la protéine Spike, dont certaines sont préoccupantes et peuvent être associées à un potentiel d’évasion immunitaire et à une transmissibilité plus élevée. Cependant, des incertitudes considérables subsistent. Les principales incertitudes sont : dans quelle mesure le variant est transmissible et si les augmentations sont liées à l’évasion immunitaire, à une transmissibilité intrinsèque accrue, ou aux deux ; dans quelle mesure les vaccins protègent-ils contre l’infection, la transmission, la maladie clinique de différents degrés de gravité et la mort ; et la variante présente-t-elle un profil de gravité différent.”

Combien de cas en France ?

Dimanche 28 novembre, le ministère de la Santé a confirmé “huit cas possibles” de variant Omicron sur le territoire national. “Sont considérés comme cas possibles de contamination au variant Omicron les personnes s’étant rendues en Afrique australe dans les 14 derniers jours et ayant un résultat de test positif avec un criblage négatif pour les mutations retrouvées dans les autres variants préoccupants (alpha, bêta, gamma, delta).” Le séquençage des prélèvements de ces patients est priorisé ou en cours d’organisation afin de disposer d’une confirmation diagnostique dans les meilleurs délais. “Dès que ces cas possibles ont été identifiés, et avant même l’obtention des résultats du séquençage, les mesures renforcées d’identification et d’isolement des cas possibles et de leurs personnes contacts à risque ont été mises en œuvre. L’ensemble des contacts à risque continuent d’être suivis par l’Assurance maladie et les Agences régionales de Santé.” 

• L’ensemble des vols sont suspendus depuis le 26 novembre et jusqu’au 1er décembre (00h) en provenance de sept pays d’Afrique Australe (Afrique du Sud, Botswana, Eswatini, Lesotho, Mozambique, Namibie, Zimbabwe).
• Le ministère surveille avec une attention particulière les territoires ultramarins de La Réunion et Mayotte qui sont en lien direct ou indirect avec ces pays. Depuis le 28 novembre, toute personne en provenance de Mayotte ou de La Réunion et à destination du reste du territoire national doit être munie d’un résultat de test ou d’examen de dépistage négatif réalisé moins de 48 heures avant l’embarquement.

D’où vient-il ?

La variante Omicron a été signalée pour la première fois à l’OMS par l’Afrique du Sud le 24 novembre 2021. “Ces dernières semaines, les infections ont fortement augmenté en Afrique du Sud, coïncidant avec la détection d’Omicron” explique l’OMS. La première infection confirmée connue à Omicron en Afrique du Sud provenait d’un échantillon prélevé le 9 novembre 2021. Le variant Omicron a également été détecté au Botswana dans des échantillons collectés le 11 novembre 2021.

Les tests PCR actuels de dépistage du SARS-CoV-2 sont capables de détecter le variant Omicron, a indiqué l’OMS. En France, la Direction générale de la Santé a donné ses consignes le 27 novembre aux professionnels : 

• Les laboratoires et professionnels de santé réalisant un dépistage du SARS-CoV-2 doivent questionner systématiquement toute personne venant se faire tester sur un potentiel séjour à l’étranger dans les 14 jours précédant la date des symptômes ou du prélèvement ou sur un potentiel contact à risque avec une personne y ayant séjourné. En cas de réponse positive, cette mention fait l’objet d’un renseignement obligatoire de SIDEP. Une attention particulière devra être portée aux pays à risque vis-à-vis du variant B1.1.529. A ce jour : Afrique du Sud, Botswana, Eswatini, Lesotho, Mozambique, Namibie, Zimbabwe. Cette liste est susceptible d’évoluer dans les jours à venir.
• Dans ce cas, Ia personne doit être orientée vers un test PCR (y compris si elle se présente pour la réalisation d’un test antigénique, il convient de lui indiquer de réaliser un 2nd test RTPCR si elle est positive).
• Il est demandé de réaliser de façon prioritaire et accélérée le séquençage de tout prélèvement positif :

► d’une personne ayant séjourné dans un pays à risque dans les 14 jours précédant la date des symptômes ou du prélèvement ;

► ou d’une personne ayant eu un contact à risque avec une personne y ayant séjourné dans les 14 jours suivant son retour ;

► ou criblé A0B0C0 pour le SARS-CoV-2 ;

►ou dont le résultat de RT-PCR (kit ThermoFisher avec 3 cibles : N, ORF1ab, S) est positif (Ct pour le gène N <28) mais atteste d’un défaut de détection pour le gène S.

Un contact-tracing renforcé sera réalisé par les CPAM pour tous les cas possibles et les ARS pour les cas confirmés.

“Omicron a un nombre sans précédent de mutations de pointe”

Est-il dangereux ?

Comme l’a indiqué le Dr Van Kerkhove de l’OMS le 25 novembre 2021, “il va falloir plusieurs semaines pour comprendre quel impact a ce variant”. Néanmoins “Omicron a un nombre sans précédent de mutations de pointe” prévient l’OMS : “La probabilité d’une nouvelle propagation au niveau mondial est élevée (…) Il pourrait y avoir de futures poussées de COVID-19, qui pourraient avoir des conséquences graves. Le risque global lié au nouveau variant Omicron est très élevé”. Parmi ces risques, des “preuves préliminaires suggèrent qu’il peut y avoir un risque accru de réinfection“. Les tests PCR actuels de dépistage du SARS-CoV-2 sont cependant capables de détecter la variante Omicron. Les études se poursuivent.

La maladie est-elle plus grave ? 

“Il n’est pas encore clair si l’infection par Omicron provoque une maladie plus grave par rapport aux infections par d’autres variantes, y compris Delta. Les données préliminaires suggèrent qu’il y a une augmentation des taux d’hospitalisation en Afrique du Sud, mais cela peut être dû à l’augmentation du nombre global de personnes infectées, plutôt qu’à une infection spécifique par Omicron” répond l’OMS.  Il faut attendre “plusieurs jours à plusieurs semaines pour comprendre le niveau de gravité de la variante”.

Combien de mutations ?

Les scientifiques sud-africains à l’origine de l’identification du variant Omicron ont déclaré tout de suite que “cette lignée possède un nombre élevé de mutations précédemment vues dans d’autres variants du SARS-CoV-2, variants d’intérêt (VOI) ou variants préoccupants (VOC) mais aussi d’autres mutations qui sont nouvelles”. L’OMS a confirmé qu’il s’agissait d’une variante “divergente” possédant 26 à 32 mutations au niveau de la protéine Spike. “Étant donné les mutations qui peuvent conférer un potentiel d’évasion immunitaire et éventuellement une transmissibilité augmentés, la probabilité d’une nouvelle propagation potentielle d’Omicron au niveau mondial est élevée, a poursuivi l’autorité. Selon ces caractéristiques, il pourrait y avoir de futures poussées de COVID-19, qui pourraient avoir des conséquences graves.” 

Quelles différences avec le variant Delta ?

“Alors que la lignée B.1.1.529 partage quelques mutations communes avec les variantes Delta mais aussi Beta et C.1.2, il a également un certain nombre de mutations supplémentaires. À l’heure actuelle, la lignée B.1.1.529 est relativement distincte des variantes C.1.2, Beta et Delta et a une voie évolutive différente” ont expliqué les scientifiques sud-africains.

► On ne sait pas encore si Omicron est plus transmissible que le variant Delta.

► On ne sait pas encore si l’infection est plus grave que celle causée par le Delta.

“Il n’y a actuellement aucune information suggérant que les symptômes associés à Omicron sont différents de ceux d’autres variantes”

Quels sont ses symptômes ?

Comme les autres variants identifiés avant lui, le nouveau variant sud-africain n’entraînerait pas de symptômes spécifiques selon les premières observations : “Actuellement, aucun symptôme inhabituel n’a été signalé à la suite d’une infection par le variant B.1.1.529 et comme avec d’autres variantes, certains individus sont asymptomatiques“ détaillaient les chercheurs sud-africains dans leurs publications. Le 28 novembre, l’OMS confirme qu’ “il n’y a actuellement aucune information suggérant que les symptômes associés à Omicron sont différents de ceux d’autres variantes”. Les infections initialement signalées concernaient des étudiants universitaires – des individus plus jeunes qui ont tendance à avoir une maladie plus bénigne.

Les vaccins sont-ils efficaces ?

Des travaux sont en cours pour étudier le potentiel d’échappement immunitaire du variant Omicron face au vaccin. “Sur la base de notre compréhension des mutations dans cette lignée, une évasion partielle-immune est probable” ont indiqué les chercheurs sud-africains. La variante Omicron est la variante la plus divergente en terme de mutations depuis le début de la pandémie “ce qui soulève de sérieuses inquiétudes quant à son association avec une réduction significative de l’efficacité des vaccins” indique le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC). “Des recherches supplémentaires sont nécessaires pour mieux comprendre le potentiel d’évasion contre l’immunité induite par le vaccin et l’infection. Les efforts de recherche sont en cours et les données devraient être disponibles dans les semaines à venir. Malgré les incertitudes, il est raisonnable de supposer que les vaccins actuellement disponibles protègent contre les formes graves et les décès liés à ce variant” rassure l’OMS. Le laboratoire BioNTech allié à Pfizer a “immédiatement lancé des études sur le variant B.1.1.529” selon les déclarations d’une porte-parole à l’AFP. “Pfizer et BioNTech se sont préparés il y a plusieurs mois à ajuster leur vaccin en moins de six semaines et à livrer les premières doses en 100 jours” si un variant s’avérait résistant.

Dans quels pays du monde ?

Selon un document publié par l’OMS le 26 novembre 2021, le variant a été identifié en Afrique du Sud, au Botswana et à Hong Kong. Pour ces deux pays, les personnes contaminées ont voyagé en Afrique du Sud auparavant. Israël a également annoncé un cas de ce nouveau variant : ” Il s’agit d’une personne revenue du Malawi “, a indiqué le ministère israélien de la Santé disant craindre ” deux cas supplémentaires de personnes revenues de l’étranger “ et placées en confinement. En Europe, des cas confirmés du variant Omicron ont également été signalés : Espagne, Portugal, Allemagne, Pays-Bas, Belgique, Italie, Danemark, Autriche ainsi qu’au Royaume Uni.

Les règles de prévention face au nouveau variant Omicron sont identiques à celles du Sars-Cov-2 originel :

► La vaccination : l’OMS recommande d’accélérer la couverture vaccinale contre le Covid le plus rapidement possible, en particulier parmi les populations désignés comme hautement prioritaires qui ne sont pas vaccinés ou qui ne sont pas encore complètement vaccinés.

►Les gestes barrières : masques, distanciation physique, ventilation de l’espace intérieur, évitement des foules, hygiène des mains
l’hygiène

Sources : 

Les autorités sanitaires françaises surveillent les cas possibles de personnes atteintes du variant Omicron sur le territoire français. Ministère de la Santé. 28 novembre 2021

Enhancing Readiness for Omicron (B.1.1.529): Technical Brief and Priority Actions for Member States World Health Organization HQ 28 Novembre 2021

Un nouveau variant détecté dans plusieurs pays d’Afrique australe. Gouvernement.fr. 26 novembre 2021.

Frequently asked questions about the B.1.1.529 mutated SARS-CoV-2 lineage in South Africa. National Institute for communicable diseases. 25 novembre 2021.

Focused COVID-19 Media Monitoring Nepal. OMS. 26 novembre 2021.