Sous-variant Omicron BA.2 : symptômes, transmission, en France


Le variant BA.2, minoritaire en France, est un sous-variant du variant Omicron. “On pourrait se recontaminer au BA.2 même lorsque nous aurions été contaminés au variant Omicron” a prévenu Olivier Véran le 25 janvier. Quels sont les dangers de cette nouvelle mutation ? Ses symptômes ? Sa contagion ? Quelle situation en France ?

[Mis à jour le 31 janvier 2022 à 19h11] BA.2 est un sous-variant d’Omicron, lui-même un variant du coronavirus Sars-Cov-2. En Europe, BA.2 est détecté à des niveaux faibles dans la majorité des pays d’Europe du nord et de l’ouest. Les variants Omicron identifiés en France jusqu’à la deuxième semaine de janvier appartiennent encore très majoritairement au sous-lignage BA.1. D’après les résultats des enquêtes Flash mentionnées par Santé Publique France dans son point épidémiologique du 27 janvier, “la proportion de BA.1 et BA.2 était de 68% et 0,26% en S01 (4 séquences BA.2), 94% et 1% en S02 (9 séquences BA.2). La diffusion du sous-lignage BA.2 dans certains pays peut suggérer un avantage de transmissibilité par rapport à BA.1, mais les données préliminaires sont en faveur d’une sévérité similaire. L’évolution de la proportion de BA.2 et des connaissances sur ce sous-lignage continuera d’être suivie attentivement au cours des prochaines semaines“. “Il répond bien au vaccin vis à vis des formes sévères, les formes sévères n’arrivent pas chez les gens triplement vaccinés. Et puis il ne semble pas être plus virulent. On n’a pas de description de la part des Danois de nouveaux symptômes” a rassuré le Pr Antoine Flahault, épidémiologiste sur BFM-TV le 21 janvier. Aujourd’hui, il est majoritaire au Danemark et en Inde. Quelle est cette nouvelle mutation du Covid-19 ? Est-elle plus contagieuse, plus dangereuse, qu’Omicron ? Le vaccin est-il efficace contre ce nouveau variant ? Le point sur la situation.

Définition : c’est quoi le sous-variant A.2 ?

Le BA.2 est un sous-variant d’Omicron. C’est un “petit cousin” du variant Omicron” a déclaré Jean-François Delfraissy, président du Conseil Scientifique Covid, au micro de Franceinfo mardi 25 janvier. Nommé BA.2, il est le cadet de la souche majoritaire de ce variant, dite BA.1, qui est majoritaire en Europe. La divergence entre BA.1 et BA.2 est importante, en particulier au sein de la protéine Spike, précise Santé Publique France. Si des réflexions sont en cours pour déterminer si BA.2 doit être considéré comme un variant différent de BA.1, ils sont pour l’instant tous deux regroupés au sein du variant Omicron. Une étude danoise publiée en janvier et menée par l’institut de recherche Statens Serum Institut (Copenhague) a souligné que “l’analyse initiale ne montre aucune différence dans les hospitalisations pour BA.2 par rapport à BA.1″. “Au niveau mondial, le variant Omicron représente 94% des virus circulants avec plusieurs sous-types : BA.1, BA.2, BA.3 et ceux non affectés aux lignages BA.1-3. Le sous-type BA.1 représente 90% des variants circulants, et le sous-type BA.2 entre 3 et 4%. Tous ces sous-variants semblent avoir les mêmes caractéristiques” informe le Conseil Scientifique du Covid dans son Avis du 20 janvier. 

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Quel est le taux du variant BA.2 en France ?

Le sous-variant BA.2 est présent en France mais reste très minoritaire. “Parmi les séquences interprétables des enquêtes Flash, la proportion de BA.1 et BA.2 était de 68% et 0,26% en semaine 01 ; 94% et 1% en semaine 02. Étant donné que 5,2 millions de nouveaux cas d’infections par le SARS-CoV-2 ont été rapportés entre S52 et S02, le nombre d’infections par BA.2 sur cette période est estimé à 9 900 contre 3,6 millions pour BA.1. La diffusion du sous-lignage BA.2 dans certains pays peut suggérer un avantage de transmissibilité par rapport à BA.1, mais les données préliminaires sont en faveur d’une sévérité similaire” a indiqué Santé Publique France dans son point épidémiologique du 27 janvier. 

Quels sont les symptômes du sous-variant BA.2 ?

Pour l’instant, il n’y a pas de symptômes spécifiques recensés sur les quelques cas de sous-variants BA.2. En revanche pour le variant Omicron “les investigations épidémiologiques indiquent une présentation clinique spécifique avec plus de symptômes respiratoire hauts et moins de perte de gout et d’odorat, ainsi qu’une sévérité moindre (risque d’hospitalisation et d’admission en soins intensifs jusqu’à 80% plus faible)” a rapporté Santé Publique France le 26 janvier.

Le variant BA.2 est-il plus contagieux qu’Omicron ?

La diffusion du sous-lignage BA.2 dans certains pays peut suggérer un avantage de transmissibilité par rapport à BA.1, mais les données préliminaires sont en faveur d’une sévérité similaire” a informé le Pr Antoine Flahault sur BFM-TV. En France, la stratégie de criblage permet de détecter tous les cas Omicron sans distinction, qu’ils soient BA.1 ou BA.2. “Dans un second temps, le séquençage réalisé dans le cadre du Consortium Emergen permet de suivre la diffusion différenciée de ces deux sous-lignages” a prévenu Santé Publique France.

 La proportion des cas de BA.2 parmi le nombre total de séquences déposées sur GISAID, par pays au 24 janvier 2022
La proportion des cas de BA.2 parmi le nombre total de séquences déposées sur GISAID, par pays au 24 janvier 2022 © Santé Publique France

Le variant BA.2 est-il plus dangereux qu’Omicron ?

En terme de sévérité, les données préliminaires du Danemark ont montré un taux d’hospitalisation équivalent entre BA.1 et BA.2. Des analyses préliminaires au Royaume-Uni ont montré une taux d’attaque secondaire supérieur pour BA.2 par rapport à BA.1 (13,4% vs 10,3%) mais une efficacité vaccinale contre les infections symptomatiques similaires pour les deux sous lignages. D’autres études sont en cours pour évaluer plus précisément la transmissibilité, la sévérité et l’échappement à la réponse immunitaire de BA.2 par rapport à BA.1″ a relevé Santé Publique France. Le président du Conseil Scientifique s’est montré plus prudent en indiquant qu’il “ne savait pas” si ce sous-variant était plus dangereux. “La question posée est de savoir quelle va être sa gravité. Donc, on le regarde avec une grande attention“, a souligné Jean-François Delfraissy. Selon l’étude danoise publiée en janvier “des analyses concernant l’infectiosité […] sont en cours, y compris des tentatives de culture de BA.2 afin d’effectuer des études de neutralisation des anticorps“. “Des observations très précoces en Inde et au Danemark suggèrent qu’il n’y a pas de différence majeure de gravité par rapport à BA.1, a tweeté Tom Peacock, virologue à l’Imperial College de Londres, le 19 janvier 2022. 

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Les vaccins sont-ils efficaces contre le variant BA.2 ?

L’efficacité vaccinale est conservée contre Omicron après l’administration d’une dose de rappel, en particulier contre les formes sévères” a confirmé Santé Publique France le 26 janvier. “Il répond bien au vaccin vis à vis des formes sévères, les formes sévères n’arrivent pas chez les gens triplement vaccinés” a indiqué le Pr Antoine Flahault, épidémiologiste sur BFM-TV le 21 janvier .”On s’attend à ce que les vaccins aient également un effet contre les maladies graves lors d’une infection par BA.2” avaient estimé les scientifiques danois qui poursuivent leurs analyses.

Quelle est la situation au Danemark ?

Il [le sous-variant BA.2] semble avoir pris le pouvoir au Danemark” a indiqué Jean-François Delfraissy sur France Info le 25 janvier. Selon les résultats de l’étude danoise, “le variant BA.2 représentait 20% de tous les cas de covid-19 au Danemark au cours de la semaine 52, augmentant à environ 45 % au cours de la semaine 2. Au cours de la même période, la fréquence relative de BA.1 a chuté“.

Sources :

– “Analyse de risque sur les variants émergents du SARS-CoV-2”, 26 janvier 2022, Santé publique France.

– COVID-19 : point épidémiologique du 27 janvier 2022, Santé Publique France

-“Maintenant, une variante d’Omicron, BA.2, représente près de la moitié de tous les cas d’Omicron danois” 20 janvier 2022, Statens Serum Institut.



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