Variant Delta (indien) : origine, vaccination, Haute-Savoie

[Mis à jour le mardi 29 juin à 23h48] Le variant delta devient dominant dans le monde. 85 y sont désormais confrontés, indique l’OMS. Il devrait représenter 90 % des nouveaux cas dans l’UE d’ici fin août, estime le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies. Il représenterait désormais 20% des nouveaux diagnostics, alerte le ministre de la Santé Olivier Véran ce mardi 29 juin sur France Info. Deux zones sont particulièrement touchées : le Bas-Rhin avec 60 cas et plusieurs foyers de contamination ainsi que les Landes où il représente 30% des cas positifs, selon un communiqué du 23 juin de l’Agence régionale de Santé de la Nouvelle-Aquitaine. En Ile-de-France, il représenterait 13% des nouveaux cas. Plusieurs cas ont été enregistrés dans la commune de Ballaison, proche de Genève, selon la préfecture de Haute-Savoie. Mais aussi dans le Morbihan et en Loire-Atlantique. Le variant delta serait 60 fois plus contagieux que son homologue anglais. Il sévit dans de nombreux pays dans le monde. Pour rappel, il a été identifié pour la première fois en Inde où il a fait des milliers de morts. Comme ses homologues anglais, brésilien et sud-africains, une sous-lignée de ce variant a été classée comme “préoccupante” (VOC) par l’OMS. Où est-il présent exactement ? En Europe ? En France ? Quels sont ses symptômes ? Ses dangers sur le long terme ? Les vaccins nous protègent-ils contre lui ? Ce que l’on sait à date. 

Le variant indien ou “Delta” a été “repéré pour la première fois le 5 octobre 2020 près de Nagpur“, une ville du centre de l’Inde située dans le Maharashtra, rapporte un article du Monde du 19 avril 2021. Il s’agit d’un nouveau mutant du Sars-CoV-2, le virus responsable de la pandémie de la Covid-19, qui résulte de “quinze mutations spécifiques“, détaille Anurag Agrawal, directeur de l’Institut de génomique et de biologie intégrative de New Delhi. 

La variant indien porte le nom scientifique B.1.617. Le lignage B.1.617 comprend 3 sous-lignages, caractérisés par les mutations L452R et P681R :

• B.1.617.1 (Kappa)
• B.617.2 (Delta, le plus fréquent en France) : c’est ce sous-lignage qui a été classé comme “préoccupant” par l’Organisation mondiale de la Santé. “Il est devenu évident que davantage de risques pour le public sont associés au B.1.617.2, tandis que des taux de transmission moindres ont été observés avec les autres sous-lignées”, précise l’OMS dans son point épidémiologique hebdomadaire sur la pandémie.
• B.1.617.3

Dans un communiqué publié le 22 juin, le ministère indien de la Santé a indiqué avoir placé les États du Maharashtra, du Kerala et du Madhya Pradesh en alerte, à cause d’une nouvelle mutation du variant indien. Baptisée “delta plus”,  cette variante aurait été détectée chez 22 personnes et serait encore plus contagieuse que son cousin. D’après le communiqué, le delta plus a été découvert “dans le séquençage génomique d’échantillons prélevés dans les districts de Ratnagiri et de Jalgaon au Maharashtra, dans les districts de Palakkad et de Pathanamthitta au Kerala, et dans les districts de Shivpuri au Madhya Pradesh“. Selon le Consortium génomique indien sur le SARS-CoV-2 (INSACOG), le variant delta plus serait lié à :

• une transmission plus accrue,
• une liaison plus solide aux récepteurs des cellules pulmonaires
• une diminution possible de la réponse des anticorps monoclonaux.

Le variant Delta ressemblerait à “un mauvais rhume”.

Si le variant indien semble plus contagieux que les autres souches, il entraînerait des symptômes typiques de la Covid-19. Le directeur de l’Institut de génomique et de biologie intégrative de Delhi indique que les malades souffrent de :

• maux de tête,
• congestion nasale,
• maux de gorge,
• douleurs musculaire,
• diarrhée

“Et le climat étant chaud et sec cette saison, certains saignent du nez ou de la gorge parce qu’ils toussent ou éternuent davantage“. Les données recueillies dans le cadre de l’étude des symptômes de l’application Zoe Covid suggèrent que le variant Delta ressemblerait à “un mauvais rhume” chez les personnes jeunes “qui ont de toute manière des symptômes plus légers”. Ainsi, le premier symptôme serait le mal de tête, suivi d’un mal de gorge, d’un écoulement nasal et de la fièvre. La toux semblerait être le 5e symptôme le plus courant lors d’une contamination au variant Delta et la perte d’odorat n’apparaît pas dans le top 10 des symptômes les plus fréquents. Quiconque pense avoir des symptômes évocateurs du Covid doit passer un test et s’isoler dans l’attente des résultats.

Le variant indien circule en France métropolitaine depuis avril.

Le variant indien a été officiellement signalé dans plus de 85 territoires, selon les dernières données de l’Organisation mondiale de la santé (OMS). Selon les données de GISAID, la majorité des cas de B.1.617 sont actuellement identifiés en Inde, au Royaume-Uni, aux Etats-Unis, en Allemagne et à Singapour. Il est possible que ce lignage ait diffusé dans d’autres pays, notamment les pays limitrophes, pour lesquels il n’y a pas de séquences dans GISAID (Népal et Bangladesh notamment). Parmi les cas liés au variant B.1.617 détectés en Europe, le sous-lignage B.1.617.2 (Delta) est prédominant.

► En France : selon les informations du 29 juin d’Olivier Véran, ministre de la Santé, le variant delta représenterait 20% des nouvelles contaminations en France (au 29 juin). Dans les Landes, il représente 30% des cas de Covid. Selon le dernier bulletin hebdomadaire de Santé publique France du 24 juin, entre les semaines 15 et 24, 287 cas d’infection par le variant Delta ont été confirmés par séquençage dans le cadre des enquêtes Flash (surveillance de la circulation des variants) ou lors de situations spécifiques investiguées, dont 276 cas en France métropolitaine. Des cas sporadiques sont maintenant rapportés dans la majorité des régions métropolitaines, et on observe en conséquence une augmentation du nombre de clusters et de foyers de transmission localisée (Île-de-France, Provence-Alpes-Côte d’Azur), mais également des zones de diffusion plus soutenue comme en Nouvelle-Aquitaine (Landes), dans le Grand Est (Bas-Rhin) et en Auvergne-Rhône-Alpes (Isère). La situation épidémiologique reste favorable dans l’ensemble des régions, mais il est nécessaire de maintenir un niveau de vigilance élevé, notamment dans les Landes, où une augmentation du taux d’incidence est notée en semaine 24. Dans les régions d’outre-mer, à ce jour, seule la Guadeloupe rapportait une chaîne de transmission limitée liée au variant Delta, confirmé par séquençage.

>> Les trois régions ayant le nombre de cas de variant Delta confirmés le plus élevé étaient la Nouvelle-Aquitaine (85), l’Île-de-France (52) et la Provence-Alpes-Côte d’Azur (51).

► Au Royaume-Uni, depuis début avril, il est identifié plus fréquemment que le variant anglais 20I/501Y.V1. Au moins de juin, le variant Delta représente plus de 90% des nouveaux cas identifiés au Royaume-Uni, selon les autorités britanniques. Dans ce contexte, le Premier ministre Boris Johnson décide de décaler de 4 semaines le déconfinement en Angleterre. “Dans les zones les plus touchées, les contaminations doublent chaque semaine et le nombre d’admissions dans les hôpitaux anglais a augmenté de 50% en une semaine”, s’inquiète le Premier ministre, alors que le nombre de contaminations est passé de 2000 à 7000 par jour ces dernières semaines.

Afin de limiter la diffusion de variants en France, un isolement obligatoire des voyageurs allant au Royaume-Uni est mis en place a annoncé le porte-parole du gouvernement le 26 mai. Depuis samedi 24 avril pour les voyageurs arrivant d’Inde : le dispositif de test avant l’embarquement a été renforcé, avec l’obligation d’un test PCR négatif de moins de 36h ou un résultat de test PCR négatif de moins de 72h accompagné d’un test antigénique négatif de moins de 24h. De plus, la réalisation d’un test antigénique a été rendue systématique à l’arrivée en France, avant de quitter l’aéroport. Enfin, chaque personne en provenance de ces pays fait dorénavant l’objet d’une mise en quarantaine obligatoire et contrôlée pour 10 jours, décidée par arrêté préfectoral. Un test PCR négatif au 9^ème jour permet de sortir de la quarantaine le 10^ème jour.

► Aux Etats-Unis : le variant indien représente plus de 6 % des échantillons de virus séquencés, selon les données des Centers for Disease Control and Prevention (CDC). Il s’agit d’un bond d’environ 1% il y a un mois.

► En Russie : 84% des séquences déposées ces quatre dernières semaines correspondent au variant delta. près de 90% des nouveaux cas (89.3%) recensés de Covid-19 à Moscou sont dus au variant Delta du coronavirus, annonce le maire de la capitale russe. Moscou a déjà porté de 13 000 à 17 000 le nombre de lits destinés aux patients du Covid cette semaine et compte porter ses capacités à 20 000 dans les prochains jours.

► En Israël : le variant delta représente 70% des personnes infectées dans le pays. La moitié des contaminations en Israël concerne des enfants. Face à l’émergence du variant delta, “le gouvernement décide de reporter l’entrée des touristes d’un mois, au 1er août“, a affirmé le ministère israélien du Tourisme.

► En Espagne : le variant delta représente 10% des cas positifs. 

► En Australie : le 26 juin, la ville de Sydney s’est reconfinée pour deux semaines à cause de la propagation du variant delta. Les autorités ont décidé un confinement de quatre jours à Perth (ouest), troisième ville à limiter les déplacements après Sydney (sud-est) et Darwin (nord). La Nouvelle-Zélande a décidé de suspendre pour trois jours ses vols avec l’Australie.

Le variant indien inclut 3 sous-lignages (B.1.617.1, B.1.617.2 et B.1.617.3) qui diffèrent légèrement en termes de mutations d’intérêt. Les mutations caractéristiques du lignage B.1.617 incluent les mutations L452R, P681R, et la mutation E484Q (observée uniquement dans les sous-lignages B.1.617.1 et B.1.617.3). Cette dernière -qui ressemble à une mutation présente dans les variants identifiés en Afrique du Sud et au Brésil.- pourrait être associée à un impact significatif en termes d‘échappement immunitaire (postinfection et post-vaccinal), bien que cela ne soit pas démontré à ce stade, rapporte Santé Publique France dans son Analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-CoV-2 réalisée conjointement par le CNR des virus des infections respiratoires et Santé publique France au 5 mai 2021.  En semaine 24 (du 14 au 20 juin 2021) :

• La mutation L452R serait associée à un risque d’augmentation de la transmissibilité du virus, et à un possible échappement immunitaire, détectée dans 10,5% des prélèvements positifs criblés.
• La mutation E484Q pourrait avoir un impact significatif en termes d‘échappement immunitaire (postinfection et post-vaccinal), détectée dans 0,9% des prélèvements positifs criblés.
• La mutation E484K, détectée dans 16,9% des prélèvements positifs criblés. 

Dans une étude publiée le 28 mai 2021, les chercheurs de l’Institut Pasteur, en collaboration avec l’Hôpital Européen Georges Pompidou AP-HP, le CHR d’Orléans et le CHU de Strasbourg, ont étudié la sensibilité du variant indien aux anticorps monoclonaux utilisés en clinique pour prévenir les formes graves de la maladie chez les personnes à risque, ainsi qu’aux anticorps neutralisants présents dans les sérums de personnes précédemment infectées par le SARS-CoV-2 ou vaccinées. Puis, ils ont comparé cette sensibilité à celles des variants anglais et sud-africains. Au terme des résultats :

• Le variant indien est moins sensible aux anticorps neutralisants que anglais. Toutefois, trois des 4 anticorps monoclonaux thérapeutiques testés restent efficaces contre le variant indien. 
• Ce variant à propagation plus rapide, a acquis une résistance partielle aux anticorps. Par exemple, les sérums de patients ayant eu un COVID-19 et recueillis jusqu’à 12 mois après les symptômes ainsi que les personnes ayant reçu le  vaccin Pfizer restent neutralisants, mais sont 3 à 6 fois moins puissants contre B.1.617.2, par rapport à B.1.1.7 (anglais)
• Les sérums d’individus ayant reçu une dose d’AstraZeneca Vaxzevria sont peu ou pas du tout efficaces contre B.1.617.2 (l’une des mutations du variant indien)

Dans un avis rendu le 21 juin 2021, la HAS (Haute Autorité de Santé) préconise une “stratégie de vaccination réactive”, c’est-à-dire de vacciner l’entourage des personnes infectées “très rapidement, dès la détection du premier cas“, pour limiter l’impact et la diffusion des variants émergents. A quels vaccins est-il résistant ?

Le variant indien diviserait par trois le nombre d’anticorps produits par les vaccins Moderna et Pfizer

► Au vaccin AstraZeneca : “Deux positions (les mutations préalablement décrites) semblent être particulièrement puissantes, parce qu’elles peuvent échapper aux anticorps“, confie le directeur de l’Institut de génomique et de biologie intégrative de New Delhi au Monde. Toutefois, une étude, réalisée notamment par l’Université d’Oxford et dont l’objectif était d’étudier l’efficacité des vaccins COMIRNATY® (Pfizer) et VAXZEVRIA® (AstraZeneca) contre le variant delta, a montré que l’efficacité vaccinale contre les formes symptomatiques de l’infection reste élevée après l’administration de 2 doses de vaccin. Ainsi, la Haute Autorité de Santé recommande de ne pas modifier, à ce stade, l’intervalle actuellement prévu entre deux doses de vaccin VAXZEVRIA®, soit 9 à 12 semaines. L’étude de Public Health England (PHE) du 14 juin montre une protection à 92 % contre les hospitalisations dues au variant Delta après deux doses du vaccin AstraZeneca.

► Aux vaccins Pfizer et Moderna : Selon un avis de la HAS du 21 juin 2021, l’efficacité des vaccins à ARNm (Pfizer et Moderna) apparaît globalement conservée contre le variant delta (B.1.617.2). Les vaccins de Moderna et de Pfizer-BioNTech se seraient montrés efficaces contre le variant indien, confirment les chercheurs d’étude préliminaire américaine rendue publique le 17 mai. Ces résultats doivent toutefois être validés avant d’être publiés dans une revue scientifique. “Nous avons conclu que les anticorps produits par les vaccins sont un peu affaiblis contre ces variants (le variant indien diviserait par trois le nombre d’anticorps produits par les vaccins Moderna et Pfizer, ndlr), a expliqué Nathaniel Landau, auteur principal de l’étude. Mais pas assez pour nous laisser penser que cela aura un grand effet sur la protection conférée par les vaccins.” L’étude de Public Health England (PHE) du 14 juin montre une protection à 96 % contre les hospitalisations dues au variant Delta après deux doses du vaccin Pfizer/BioNTech.

Selon le ministère de la Santé, lors des dépistages :

► Il est demandé aux laboratoires et aux professionnels de santé réalisant un dépistage du SARS-CoV-2 de questionner systématiquement toute personne venant se faire tester sur un potentiel séjour en Inde dans les 14 jours précédant la date des symptômes ou du prélèvement ou sur un potentiel contact à risque avec une personne y ayant séjourné. En cas de réponse positive, cette mention fera l’objet d’un renseignement obligatoire de SIDEP (champ “pays de provenance”).

► Il est demandé aux laboratoires et aux professionnels de santé d’orienter toute personne ayant séjourné en Inde dans les 14 derniers jours ou ayant eu un contact à risque avec une personne y ayant séjourné et se présentant pour la réalisation d’un dépistage du SARS-CoV-2 vers la réalisation d’un test RT-PCR (y compris si elle se présente pour la réalisation d’un test antigénique).

► Il est demandé de réaliser de façon prioritaire et accélérée le séquençage de tout prélèvement positif pour le SARS-CoV-2 pour une personne ayant séjourné en Inde dans les 14 jours précédant la date des symptômes ou du prélèvement ou ayant eu un contact à risque avec une personne y ayant séjourné dans les 14 jours suivant son retour. Les prélèvements à séquencer seront à adresser à un laboratoire du réseau ANRS-MIE en première intention. Les séquençages devront faire l’objet d’une remontée obligatoire de la séquence et des métadonnées dans la base de données nationale EMERGEN.

Le variant indien serait donc porteur de plusieurs mutations spécifiques : dont la substitution L452R qui serait “présente dans deux lignages qui circulent aux États-Unis et qui entraînerait une légère augmentation de la transmissibilité [du virus], aux alentours de 20 à 30 %”, explique Bruno Lina, virologue au CHU de Lyon, dans un article de La Croix. Une deuxième, la substitution E484K, qui a déjà été retrouvée chez des variants préoccupants (brésilien et sud-africain), aurait “un impact significatif en termes d’échappement immunitaire“, alerte Santé publique France dans son analyse du 8 avril, en précisant que cela n’a pas encore été formellement démontré. Autrement dit, “si cela se confirme, cela pourrait poser des soucis à moyen terme, car cela fragiliserait l’immunité de la population, vu que les personnes déjà infectées et celles vaccinées par les vaccins qui utilisent un vecteur type adénovirus – comme le vaccin AstraZeneca, Johnson & Johnson ou celui de Chine – sont bien moins protégées face à ces mutations“, détaille Samuel Alizon, directeur de recherche au laboratoire des maladies infectieuses et vecteurs du CNRS, au HuffPost.

Il y a “pas mal de cas chez des sujets jeunes et même chez des enfants”

La double mutation présente sur le variant indien augmenterait sa capacité de transmission, notamment chez les jeunes et les enfants. En Inde, en mai 2021, 65% des nouveaux malades avaient moins de 45 ans, selon le chef du gouvernement local de New Delhi. Le variant touche ainsi les personnes jeunes, voire les enfants : “l’année dernière il n’y avait pratiquement pas d’enfants hospitalisés“, ce qui n’est désormais plus le cas, signale Khusrav Bakan consultant à l’hôpital P. D. Hinduja National de Bombay. En Europe, il y a “pas mal de cas chez des sujets jeunes et même chez des enfants, ajoute le Pr Patrick Berche, microbiologiste et membre de l’Académie de médecine. Cela est assez inquiétant. Mais ça demande vérification. Pour le moment, ce n’est pas étayé par des publications. On a des indications qui pourraient suggérer que le virus devient plus virulent, mais ce n’est pas confirmé“.

Sources :

– Analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-CoV-2 réalisée conjointement par le CNR des virus des infections respiratoires et Santé publique France, 5 mai 2021. 

– Gisaid : banque de données et réseau de surveillance des variants